Dies ist möglicherweise nicht die effizienteste, aber ich würde eine temporäre Tabelle erstellen, um die Ergebnisse der gespeicherten Prozedur zu speichern, und diese dann in einem Join gegen die Zieltabelle verwenden. Zum Beispiel:
CREATE TABLE #t (uniqueid int)
INSERT INTO #t EXEC p_YourStoredProc
UPDATE TargetTable
SET a.FlagColumn = 1
FROM TargetTable a JOIN #t b
ON a.uniqueid = b.uniqueid
DROP TABLE #t