Sie haben Recht, es ist verwirrend, dass Sie mit SQL Server doppelte Indizes für dieselben Felder erstellen können. Aber die Tatsache, dass Sie einen weiteren erstellen können, bedeutet nicht, dass der PK-Index nicht auch bereits existiert.
Der zusätzliche Index nützt nichts, aber der einzige Schaden (sehr gering) ist die zusätzliche Dateigröße und der Mehraufwand für die Zeilenerstellung.