Ich habe eine funktionierende Lösung für das Problem gefunden (zumindest hat es bei mir mit JDev 12.1.2.0 funktioniert, aber ich glaube, es sollte auch auf 11.x funktionieren):
Fügen Sie die folgende Zeile in jdk.conf (JDEV_HOME/jdeveloper/ide/bin) hinzu und starten Sie JDeveloper neu:
AddVMOption -Dfile.encoding=UTF-8