Sie haben eine JRE und kein JDK installiert.
Um nativen JNI-Code zu kompilieren, müssen Sie ein JDK installieren, das mit dem entsprechenden jni.h-Header sowie den betriebssystemspezifischen Headern geliefert wird.
Wenn Sie das tun, aktualisieren Sie Ihren Include-Pfad auf
-I <path_to_jdk>/include -I <path_to_jdk>/include/linux