Der Grund war ziemlich einfach. Ich habe EnsureCreated aufgerufen in Startup.cs Dies führte zu Konflikten mit Migrationen, die anders funktionierten. Zum Glück haben EF Core-Besitzer es mir auf GitHub klar gemacht.
Also zusammenfassend - wenn Sie Migrationen verwenden möchten, können Sie nicht CertainCreated verwenden.