Ich hatte ein ähnliches Leistungsproblem mit mysql und habe es gelöst, indem ich useServerPrepStmts gesetzt habe und die rewriteBatchedStatements Eigenschaften in der Verbindungs-URL.
Connection c = DriverManager.getConnection("jdbc:mysql://host:3306/db?useServerPrepStmts=false&rewriteBatchedStatements=true", "username", "password");
