Auf Nachfrage, jetzt als Antwort...
Bei Verwendung von MySQL Query Browser oder phpMyAdmin scheint es, dass für jede Abfrage eine neue Verbindung geöffnet wird (bugs.mysql.com/bug.php?id=8280 ), was es notwendig macht, alle Drop-Anweisungen in einer Abfrage zu schreiben, z.
SET FOREIGN_KEY_CHECKS=0;
DROP TABLE my_first_table_to_drop;
DROP TABLE my_second_table_to_drop;
SET FOREIGN_KEY_CHECKS=1;
Wobei SET FOREIGN_KEY_CHECKS=1
dient als zusätzliche Sicherheitsmaßnahme...