Ich hatte auch das gleiche Problem in der Vergangenheit. Alles war nach dem Verschieben von Datenbankdateien an einen neuen Speicherort und nach dem Aktualisieren des MySQL-Servers passiert. Alle Tabellen mit InnoDB-Engine sind aus meiner Datenbank verschwunden. Ich habe versucht, sie neu zu erstellen, aber mysql sagte mir 1146: Table 'xxx' doesn't exist
die ganze Zeit, bis ich meine Datenbank neu erstellt und den MySQL-Dienst neu gestartet hatte.
Ich denke, es ist notwendig, etwas über InnoDB-Tabellenbinärdateien zu lesen.