Ich hatte das gleiche Problem. In meinem Fall habe ich einfach den folgenden Befehl ausgeführt, der von der Workbench mit meiner Datenbank verbunden ist:
SET SESSION old_passwords=0;
SET PASSWORD FOR my_user=PASSWORD('my_password');
Danach konnte ich mich mit MySql Connector 6.6.5 im c#-Code mit der gemeinsamen mysql-Verbindungszeichenfolge verbinden:
"server=my_server_ip;user=my_user;database=my_db;port=3306;password=my_password;"
