Am besten nehmen Sie einfach die 2 Nicht-Auto-Increment-Spalten in die CSV-Datei auf und setzen dann die ID-Spalte in der Ladedaten-Infile-Anweisung explizit auf NULL.
Etwa so:
LOAD DATA INFILE '/tmp/data.csv'
INTO TABLE your_table
FIELDS TERMINATED BY ','
(AField, BField)
SET ID = NULL;