Stellen Sie sicher, dass Sie PDO mitteilen, dass der Wert eine Ganzzahl und keine Zeichenfolge ist. Wenn PDO es als Zeichenfolge ausgibt, muss MySQL die Werte zum Vergleich typisieren. Je nachdem, wie es vorgeht, könnte es zu erheblichen Verlangsamungen führen, indem es MySQL dazu bringt, die Verwendung eines Indexes zu vermeiden.
Ich bin mir über das Verhalten hier nicht ganz sicher, aber ich hatte dieses Problem mit Postgres vor ein paar Jahren ...