Es gibt wahrscheinlich eine Möglichkeit, dies über MySQL zu tun, aber der einfache (und zuverlässige) Weg ist die Verwendung von microtime von PHP Funktion, die die aktuelle Zeit in Millisekunden zurückgibt.
Einige Beispielcodes:
$sql = '...';
$msc = microtime(true);
mysql_query($sql);
$msc = microtime(true)-$msc;
echo $msc . ' s'; // in seconds
echo ($msc * 1000) . ' ms'; // in millseconds