Ich verwende JDBC, um eine Verbindung von MATLAB zu mySQL-Datenbank herzustellen. Funktioniert nahtlos.
- Laden Sie zuerst den JDBC-Treiber für mySQL von hier herunter:http://www.mysql. com/downloads/connector/j/
- Entpacken Sie die Datei mysql-connector-java-x.x.xx-bin.jar (die neueste Version) aus dem Archiv in einen Ordner
- Fügen Sie am Anfang Ihres Skripts den Pfad zu dieser JAR-Datei hinzu, dann können Sie sich mit einer Datenbank verbinden und so weiter.
Hier ist ein Beispiel für die Verbindung und Abfrage einer öffentlichen menschlichen Genomdatenbank:
%# add path to the JAR file you just installed to Java dynamic classpath
javaaddpath('h:\Documents\MATLAB\myJavaClasses\mysql-connector-java-5.1.12-bin.jar')
%# connection parameteres
host = 'genome-mysql.cse.ucsc.edu';
user = 'genome';
password = '';
dbName = 'hg18';
%# JDBC parameters
jdbcString = sprintf('jdbc:mysql://%s/%s', host, dbName);
jdbcDriver = 'com.mysql.jdbc.Driver';
%# Create the database connection object
conn = database(dbName, user , password, jdbcDriver, jdbcString);
gene = 'NF1';
if isconnection(conn) % check to make sure that we successfully connected
qry = sprintf('SELECT geneName, chrom, txStart, txEnd FROM refFlat WHERE geneName=''%s''',gene);
rs = fetch(exec(conn, qry));
rsdata = get(rs, 'Data');
end
