Das könnte bedeuten, dass MYSQL ausgefallen ist oder Sie beim Verbinden den falschen Hostnamen verwenden. Ein weiterer möglicher Grund dafür könnte ein Unterschied in der Socket-Konfiguration von PHP gegenüber MySQL sein. Sie können dies überprüfen, indem Sie sich den Eintrag Socket in der MySQL-Konfiguration ansehen. Datei und indem Sie sich die Ausgabe von phpinfo() ansehen, müssen Sie sie nur vergleichen. Oder es könnte sein, dass jemand anderes auf Ihrem Rechner diesen Socket ebenfalls verwendet.
PS. Auch meine wilde Vermutung, gehen Sie Ihren Code durch und überprüfen Sie, ob Sie Ihre Verbindung immer richtig schließen und auch alle Ihre Abfragen.