Wenn Sie die WHERE-Klausel auf das Ergebnis der UNION anwenden möchten, müssen Sie die UNION in die FROM-Klausel einbetten:
SELECT *
FROM (SELECT * FROM TableA
UNION
SELECT * FROM TableB
) AS U
WHERE U.Col1 = ...
Ich gehe davon aus, dass TableA und TableB union-kompatibel sind. Sie könnten natürlich auch eine WHERE-Klausel auf jede der einzelnen SELECT-Anweisungen in der UNION anwenden.