Sie können einen Ausdruck in einem ORDER BY verwenden. Versuchen Sie Folgendes:
SELECT *
FROM comments
ORDER BY IF(ParentId = 0, Id, ParentId), Id
Dies sortiert zuerst nach Id, wenn ParentId =0, oder andernfalls nach ParentId. Das zweite Sortierkriterium ist die ID, um sicherzustellen, dass die Antworten der Reihe nach zurückgegeben werden.