Laut MySQL-Dokumentation können Sie für eine tabellenübergreifende Aktualisierung keinen Join (wie in anderen Datenbanken) verwenden, sondern stattdessen eine where-Klausel:
http://dev.mysql.com/doc/refman/5.0 /de/update.html
Ich denke, so etwas sollte funktionieren:
UPDATE User_Settings, Contacts
SET User_Settings.Contact_ID = Contacts.ID
WHERE User_Settings.Account_ID = Contacts.Account_ID