Die Konfigurationsdateien sind in Ordnung. Die Hauptursache ist ein Fehler im MySQL 5.6-Paket für Ubuntu 16.04.
Wenn Sie Ihr /var/log/syslog überprüfen, sehen Sie wahrscheinlich eine Zeile wie diese:
Sep 15 18:56:09 ip-172-31-18-162 kernel: [ 383.840275] audit: type=1400 audit(1505501769.234:50): apparmor="DENIED" operation="open" profile="/usr/sbin/mysqld" name="/etc/mysql/my.cnf.fallback" pid=25701 comm="mysqld" requested_mask="r" denied_mask="r" fsuid=0 ouid=0
Ein Sicherheitstool namens AppArmor verweigert den Zugriff auf eine symbolisch verknüpfte Datei (/etc/mysql/my.cnf.fallback).
Probieren Sie diesen Workaround aus, der es mysqld erlaubt, symbolische Links zu lesen.
echo '/etc/mysql/** lr,' >> /etc/apparmor.d/local/usr.sbin.mysqld
systemctl reload apparmor
Jetzt sollte mysqld Ihre benutzerdefinierte Konfiguration sehen.
Dieser Fehler scheint im Ubuntu-Paket MySQL 5.7 behoben zu sein.