Mysql
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JDBC mit MySQL sehr langsam, weiß nicht warum

Ich vermute, dass es am Verbindungsaufbau liegt, der das Problem verursacht. Es lohnt sich, die Zeit dafür zu messen:

Connection con = DriverManager.getConnection(dbase, dbuser, dbpw);

und wenn ja, sehen Sie sich Apache Commons DBCP an , mit dem Sie Datenbankverbindungen zusammenfassen können.