Oder ändern Sie beide Anwendungen so, dass die Java-App wirklich der Eigentümer der MySQL-Datenbank ist und sie als Dienst verfügbar macht. Sie koppeln die beiden Apps auf Datenbankebene, indem Sie das tun, was Sie vorschlagen.
Wenn Sie einen Eigentümer der Daten haben, können Sie Schemaänderungen und dergleichen hinter der Serviceschnittstelle verbergen. Sie können auch einen Publish/Subscribe-Mechanismus ermöglichen, um interessierte Parteien über Datenbankänderungen zu informieren. Wenn Ihnen diese Dinge wichtig sind, würde ich es überdenken, einer anderen Anwendung den direkten Zugriff auf MySQL zu erlauben.
