Ich hatte genau das gleiche Problem. kill
ausführen Befehl würde den Prozess beenden, aber in meinem Fall würde er immer wieder unter einer anderen Prozess-ID auftauchen.
Der einzige Weg, wie ich herausfinden konnte, wie ich es endgültig stoppen konnte, war folgender:
sudo stop mysql
Hoffe das hilft.
Quelle:http://www.itfromscratch.com/ wie-man-den-percona-mysql-server-stoppt/