Ich würde sagen, Sie können mehrere Indizes in die indexes-Eigenschaft einfügen (aber ich hatte noch keine Zeit, es zu testen):
indexes={
@ORM\Index(name="index_name", columns={"database_column1","database_column2"}),
@ORM\Index(name="index_name2", columns={"database_column1"}),
@ORM\Index(name="index_name3", columns={"database_column2"})
}
Hoffe, das hilft dir