Ich bin auf ein ähnliches Problem gestoßen und mein Problem war, dass MySQL sich selbst so konfiguriert hat, dass es auf einem nicht standardmäßigen Port ausgeführt wird. Ich kenne den Grund dafür nicht, aber um herauszufinden, auf welchem Port MySQL läuft, führen Sie Folgendes im MySql-Client aus:
SHOW GLOBAL VARIABLES LIKE 'PORT';