Verwenden Sie PDO anstelle von einem dieser Ansätze. Es ermöglicht Ihnen, Parameter anstelle von Zeichenfolgen zu verwenden.
$sth = $dbh->prepare('SELECT * FROM users WHERE username = :username AND password = :password LIMIT 1');
$sth->bindParam(':username', $username, PDO::PARAM_STR);
$sth->bindParam(':password', $password, PDO::PARAM_STR);
$sth->execute();
Achten Sie übrigens darauf, dass Sie nicht gleichzeitig Passwörter im Klartext verwenden.