Sie suchen nach Eltern, bei denen zwei spezifische Kinderdatensätze vorhanden sind. Verwenden Sie dafür die EXISTS-Klausel:
SELECT *
FROM parent p
WHERE EXISTS (select * from join_table j where j.parent_id = p.id and j.child_id = 1)
AND EXISTS (select * from join_table j where j.parent_id = p.id and j.child_id = 2);