MySQL verwaltet einen einzigen Puffersatz für alle Datenbanken. Hinsichtlich der Performance spielt es keine Rolle, ob sich Tabellen in unterschiedlichen Datenbanken befinden.
Ihr Anwendungsfall ist grenzwertig, scheint aber ein vernünftiger Fall für die Aggregation von Daten aus separaten Datenbanken zu sein.
Ich wäre allerdings vorsichtig mit dieser Architektur. Wenn Ihre Anwendungen beginnen, mehr als nur ein paar Tabellen gemeinsam zu nutzen, fragen Sie sich, ob diese Anwendungen wirklich unterschiedliche Anwendungen oder eher Module derselben Anwendung sind. Im letzteren Fall würde es für mich Sinn machen, alle Tabellen in einer einzigen Datenbank zu haben.
Wenn Sie Bedenken hinsichtlich der Sicherheit haben, beachten Sie bitte, dass die meisten Zugriffsrechte möglicherweise pro Tabelle (oder sogar pro Spalte) .