Sie könnten diese Eigenschaften von mysql server ändern:
nano /etc/mysql/my.cnf
query_cache_size=16M
key_buffer_size=256M
Oder versuchen Sie vielleicht sogar, die zulässige Ausführungszeit für die Abfrage vom MySQL-Client zu erhöhen:
SET GLOBAL MAX_STATEMENT_TIME=1000;
bevor Sie Ihre Abfrage ausführen.