Sie müssen nichts synchronisieren,
Der EntityManager ist nicht ThreadSafe und so konzipiert, dass er für jede Arbeitseinheit instanziiert und gleich danach zerstört wird.
Die Fabrik dagegen ist kostspielig zu erstellen und sollte wiederverwendet werden
Siehe http://docs.oracle.com/javaee/6/ tutorial/doc/bnbqw.html „Application-Managed Entity Managers“ und https://stackoverflow.com/a/22773758/2087640