Dies liegt daran, dass der von Ihnen erstellte Index ebenfalls Speicherplatz beansprucht. Bei einem Clustered-Index in InnoDB werden die Zeilendaten tatsächlich in den Index-Blattknoten gespeichert. Wenn der Index also verwendet wird, zeigt der Index nicht auf die Zeile, sondern stattdessen auf den Index-Blattknoten, der die Zeilendaten enthält mit dem PKEY.
Dadurch wurde der Speicher viel größer.