Wie kann ich verhindern, dass eine automatisch inkrementierende ID bei einer doppelten Schlüsselaktualisierung aktualisiert wird?

Muss den Primärschlüssel der ID-Spalte machen und dann (Frucht, Farbe) als eindeutigen Schlüssel festlegen. Dann können Sie die von @Andrew B. Anthony unten bereitgestellte Abfrage ausführen:

INSERT INTO table (Fruit, Color) VALUES
    Apple, Red)
ON DUPLICATE KEY UPDATE 
Fruit=values(Fruit),
Color=values (Color)