Ich weiß nicht, warum es plötzlich langsamer läuft, aber ich empfehle, in einen Join umzuwandeln, der besser funktionieren sollte:
SELECT t.*
FROM temp_company t
LEFT JOIN company c ON c.number = t.number
WHERE c.number is null
Dies ist eine ziemlich übliche Art, mit not in (...) umzugehen über einen Join und funktioniert, weil äußere Joins nicht match haben Nullen in den Spalten der verknüpften Tabelle.
