Das hängt ganz von der Art Ihrer Site ab. Wenn Sie ein kleines Projekt nur mit dem Webinterface erstellen, bleiben Sie bei Ihren MySQL-Aufrufen.
Wenn Sie eine Website erstellen, die groß werden und mehr als einen Dienst anbieten soll, z. eine Android/iPhone-Anwendung bereits geplant ist, erstellen Sie die API und lassen Sie sie von beiden Anwendungen verwenden. APIs sind großartig für die Skalierbarkeit und dienen vielen Kunden. Für eine Webdarstellung, z. für Ihren lokalen Zahnarzt ist es einfach Overhead.