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Das liegt daran, dass Sie die Tabelle nicht direkt aktualisieren können, wenn Sie sie in einer anderen Subselect-Anweisung verwenden. Eine Alternative dazu ist, die Tabelle mit sich selbst zu verbinden.
UPDATE list a
INNER JOIN
(
SELECT dn
FROM list
GROUP BY dn
HAVING COUNT(*) < 2000
) b ON a.dn = b.dn
SET a.li = '6'
WHERE a.li = '5