JPA erlaubt keine Entität, die aus Spalten aus mehreren Tabellen besteht?

Ich verstehe deine Einstellung nicht ganz.

@SecondaryTable dient zum Speichern einer einzelnen Entität in mehreren Tabellen, aber in Ihrem Fall haben Sie eine Viele-zu-Eins-Beziehung zwischen verschiedenen Entitäten (jede in ihrer eigenen Tabelle gespeichert) und sollte als solche abgebildet werden:

@Entity 
@Table(name="server") 
public class Server { 
    @ManyToOne
    @JoinColumn(name = "cluster_uuid")
    private Cluster cluster;
    ...
}