Überprüfen Sie die Konfiguration der beiden Motoren. Es ist möglich, dass die Konfiguration Ihrer InnoDB-Engine für Ihre Suche effizienter ist als die Art und Weise, wie Sie MyISAM eingerichtet haben.
Ein wichtiger Konfigurationswert ist innodb_buffer_pool_size, wo InnoDB Daten zwischenspeichert (und Indizes, aber Sie haben keine Indizes).