Endlich die Antwort gefunden, als ich feststellte, dass ein anderes Skript, das ich viele Male erfolgreich ausgeführt hatte, nicht mehr funktionierte.
Ich hatte die Sortierung in meiner Datenbank von utf8_general_ci auf utf8_bin geändert. Es gibt einen Fehler in MySQLdb 1.2.3, der dazu führt, dass utf8_bin-Strings nicht als Text erkannt werden, sodass die Unicode-Konvertierung nicht stattfindet. Dies wurde in MySQLdb 1.2.4 behoben.
https://sourceforge.net/p/mysql-python/bugs/289/