In der Regel erfolgt dies über eine Transaktion. Bearbeiten Sie die Datei mit allen INSERTs. Fügen Sie oben und unten eine Zeile hinzu:
BEGIN TRANSACTION;
-- all insert statements go here
COMMIT;
Sobald Sie sich nun über die Befehlszeile bei MySQL anmelden, führen Sie
ausmysql> source file_name
Siehe hier für Details.