Dazu muss lediglich die entsprechende Spalte aktualisiert werden.
Je nach ... hm ... deiner Laune (?) könntest du versuchen:
update tbl set datetime_column = substr(datetime_column, 1, 16);
Oder
update tbl set datetime_column = date_format(datetime_column, '%Y-%m-%d %H:%i:00');
Oder
update tbl set datetime_column = datetime_column - second(datetime_column);
