Das Problem war wegen des fehlenden PK in meiner Beziehungstabelle TableA_TableB, nachdem ich PK (TableAID, TableBID) hinzugefügt hatte, war das Problem gelöst. Zusätzlich verursacht die Verwendung von uint auf EF ein einzelnes Speicherproblem (Sie können Tabellen einzeln speichern und nachdem Sie IDs erhalten haben, können Sie Beziehungen erstellen)