Sie haben Recht, Sie können Ihren Alias in den WHERE- oder HAVING-Klauseln nicht nennen, aber ansonsten bin ich mir nicht sicher, was Sie meinen. GROUP BY und HAVING sollen zusammen verwendet werden:
SELECT a.ID, sum(b.Qty*b.Price) AS Subtotal
FROM tbl_One AS a
LEFT JOIN tbl_Two AS b ON b.TwoID = a.ID
GROUP BY a.ID
HAVING sum(b.Qty*b.Price) > 100 AND sum(b.Qty*b.Price) < 200