Nach etwas mehr Suche fand ich den folgenden Link, der darauf hindeutet, dass es sich um einen MySQL-Fehler handelt:https://groups.google.com/forum/#!topic/sqlalchemy/ajYLEuhEB9k
Zum Glück wird supports_san_multi_rowcount
deaktiviert geholfen!
engine = engine_from_config(settings, 'sqlalchemy.')
engine.dialect.supports_sane_rowcount = engine.dialect.supports_sane_multi_rowcount = False
Gut genug für mich jetzt. Hier ist eine weitere interessante Ressource, die ich im Umgang mit Postgresql gefunden habe:https://bitbucket.org/zzzeek/sqlalchemy/issue/3015/deletes-executed-twice-when-using