Autocommit wird Ihnen hier nicht helfen, start transaction überschreibt es.
Die losen Transaktionen werden zurückgesetzt sobald die Verbindung abläuft ODER der Client die Verbindung wieder herstellt, je nachdem, was zuerst eintritt.
Es gibt keine Möglichkeit, eine hängende Transaktion festzuschreiben, die einzig mögliche Option ist ein Rollback.
Wenn Sie die Statusausgabe von InnoDB verstehen möchten, lesen Sie:
http://www.mysqlperformanceblog.com/2006/07/17/show-innodb-status-walk-through/
