Sie müssen MAX COUNT of Total Customer anzeigen, indem Sie zwei Tabellen vergleichen

Genauso wie Sie COUNT(Customer_Nbr) auswählen in der 1. Unterabfrage auch in der 2. Unterabfrage auswählen:

SELECT Entity_Name, 
       COUNT(Customer_Nbr) AS `Total Customer`,
       SUM(CASE WHEN Payment_Mode = 'Online Payment' THEN Amount ELSE 0 END) AS `Online Payment`,
       SUM(CASE WHEN Payment_Mode = 'Cash' THEN Amount ELSE 0 END) AS `Cash Payment`,
       SUM(Amount) AS `Total Payment`
FROM mq_paymentlist
GROUP BY Entity_Name

und verwenden Sie in der Hauptabfrage GREATEST() um den maximalen Wert auszuwählen:

SELECT b.Entity_Name, 
       GREATEST(b.`Total Customer`, p.`Total Customer`) AS `Total Customer`
.........................