mysql-server (egal welche Version) hängt von anderen Paketen ab (in Ihrem Fall mysql-community-libs mysql-community-server)
Wenn es zum ersten Mal mit der alten Version installiert wird, wird dieses Zeug installiert. Wenn Sie mysql-server "deinstallieren", werden diese Abhängigkeiten NICHT entfernt.
Wenn Sie versuchen, die neue Version zu installieren, werden diese noch vorhandenen Pakete mit dem neuen Paket in Konflikt geraten. Es spielt keine Rolle, ob die eigentlichen Dateien im Paket vorhanden sind, es ist das Paket und seine Auflistung dessen, was zu erwarten ist, die in Konflikt stehen.
Um Ihr Problem zu lösen, ermitteln Sie die Abhängigkeiten von mysql-server und deinstallieren Sie sie, bevor Sie die Installation versuchen.
Diese Antwort https ://superuser.com/questions/294662/how-to-get-list-of-dependencies-of-non-installed-rpm-package kann interessant sein, um herauszufinden, wovon mysql-server abhängt
