Mongoose pluralisiert den Namen des Modells, da es diese gute Praxis für eine "Sammlung" von Dingen als pluralisierten Namen ansieht. Das bedeutet, dass das, wonach Sie derzeit im Code suchen, eine Sammlung mit dem Namen "users" und nicht wie erwartet "user" ist.
Sie können dieses Standardverhalten überschreiben, indem Sie den spezifischen Namen für die gewünschte Sammlung in der Modelldefinition angeben:
var userModel = mongoose.model('user', userSchema, 'user');
Das dritte Argument dort ist der Sammlungsname, der verwendet werden soll, und nicht das, was basierend auf dem Modellnamen bestimmt wird.