Sie benötigen nicht die vollständige Notation, da der Platzhalter bereits an diese Position im Array verschoben wurde.
db.junk.update(
{ "commandes.voyagesSouscrits.idVoyage": "123" },
{$pull: { "commandes.$.voyagesSouscrits": { idVoyage: "123" } }}
)
Dieser Teil:
idVoyage: { <query> }
wird nur benötigt, weil der Positionsoperator in "commandes.$.voyagesSouscrits " kann nur mit dem ersten übereinstimmen Array-Position in der Abfrage gefunden.
http://docs.mongodb.org/manual/reference/operator/projection/positional/
Hoffe, das klärt es auf.