Ok, ich habe die Lösung gefunden, um die base64-Zeichenfolge in ein GUID-Format innerhalb des Knotens zu bringen, um sie zu konvertieren, muss Folgendes getan werden:
var mongo.require('mongodb');
var GUID = new mongo.Binary(new Buffer(<base65String>, 'base64'), 3);
und jetzt kann ich die Datenbank wie folgt abfragen:
collection.findOne({'_id' : GUID}, function(err, item) {
res.send(item);
});