Ich kenne MongoDB nicht speziell. Im Allgemeinen ist das Öffnen einer Verbindung zu einer Datenbank ein relativ langsamer Vorgang und bindet Systemressourcen. Ob das in Ihrem Fall ausreicht, kann ich nicht sagen.
Eine andere Datenbank für jeden Benutzer zu haben, würde es schwierig machen, Abfragen durchzuführen, die auf Daten für mehrere Benutzer zugreifen. Vielleicht brauchen Sie dies nicht zu tun.
Trotzdem würde ich denken, dass es im Allgemeinen viel einfacher wäre, einfach eine Benutzer-ID in jeden Datensatz einzugeben, anstatt eine separate Datenbank zu erstellen. Was ist der Vorteil separater Datenbanken? Okay, einen Benutzer zu löschen bedeutet, "Datenbank löschen" zu sagen. Das Löschen eines Benutzers aus einer einzelnen Datenbank sollte jedoch bedeuten, "aus Tabelle X löschen, wo Benutzer =?; aus Tabelle Y löschen, wo Benutzer =?" usw. für so viele relevante Tabellen, wie Sie haben. Ich kann mir nicht vorstellen, dass es Hunderte sind, oder? Vielleicht ein halbes Dutzend Codezeilen oder so?