Setzen Sie $sort vor $group, andernfalls kann MongoDB den Index nicht verwenden, um beim Sortieren zu helfen.
In Ihrer Abfrage sieht es jedoch so aus, als ob Sie eine relativ kleine Anzahl von user_ids im Vergleich zur Gesamtgröße Ihrer group_members-Sammlung abfragen möchten. Daher empfehle ich einen Index nur auf user_id. In diesem Fall muss MongoDB Ihre Ergebnisse im Speicher nach last_post_at sortieren, aber dies lohnt sich im Austausch für die Verwendung eines Index für die anfängliche Suche nach user_id.