Die Abfrageausführung ist fehlgeschlagen, wenn der Mongo-Befehl über das Bash-Skript ausgeführt wurde

Das ist kein Javascript. Sie können keine externe ausführbare Datei von Javascript aufrufen.

Führen Sie einfach mongorestore aus direkt:

mongorestore --host=localhost --port=27017 --gzip --archive=C:\backup --nsInclude 'n2aenv.*' --nsFrom 'n2aenv.*' --nsTo 'newDB.*'